Die Handlung spielt im fiktiven Hope County, Montana. Ein dort lebender Priester namens Joseph Seed glaubt an einen drohenden Kollaps der Zivilisation und, dass er auserwählt wurde, um die Menschen davor zu beschützen. Dazu gründet er die Organisation „Project at Eden’s Gate“. Die Ideologie dieser Sekte enthält viele Elemente der christlichen Eschatologie, wie z. B. die Vorstellung von den Sieben Siegeln oder dem drohenden Ende der Welt. Eden’s Gate entwickelt sich jedoch zu einem radikalen Kult, der die Menschen zwingt ihm beizutreten und einschüchtert, nicht die Außenwelt zu kontaktieren. Die Mitglieder von Eden’s Gate und die restlichen Bürger von Hope County geraten immer mehr aneinander und es entwickeln sich bewaffnete Konflikte.
Der Spieler ist ein Deputy Sheriff, welcher Mitglied der Hope-County-Widerstandsgruppe ist. Unter ihm soll der Sektenanführer Seed, der sich selbst nur als den „Vater“ bezeichnet, verhaftet werden. Allerdings scheitert die Festnahme und nach einigen Kampfhandlungen wacht der Spieler auf der Insel von Dutch auf, einem Einwohner von Hope County und Gegner der Sekte. Dieser leitet den Spieler fortan auf der Insel (wodurch er in die Spielmechanik eingeführt wird). Wenn die Insel von der Sekte befreit ist, kann sich der Spieler weitgehend frei in der Spielwelt bewegen.