Resident Evil Zero spielt zeitlich vor Resident Evil. Das Bravo-Team des Spezialkommandos S.T.A.R.S. wurde zur Aufklärung der bizarren Morde im Raccoon Forest entsandt, doch bei ihrer Ankunft stürzt der Einsatz-Hubschrauber ab. Die Besatzung überlebt den Unfall, verliert aber die komplette Ausrüstung. Beim Sichern des Geländes stößt das Team auf einen Gefangenentransporter und die Leichen ermordeter Soldaten. Nur vom Sträfling Billy Coen, der sich ebenfalls im Wagen befinden sollte, gibt es keine Spur. In der Rolle von Rebecca Chambers, einer 18-jährigen S.T.A.R.S.-Rekrutin, begibt sich der Spieler auf die Suche nach dem Flüchtigen. In einem nahe liegenden Zug wird sie fündig. Doch der Zug fährt plötzlich los und beide müssen sich gegen Zombies verteidigen. Rebecca hat einen weiten Weg vor sich, um wieder zu ihrem Team zurück zu gelangen. Weiterhin kommt man im Verlauf des Spiels an Orten vorbei, die bereits aus Resident Evil 2 bekannt sind.