Resident Evil 3 spielt zeitlich wenige Stunden vor und nach den Ereignissen des zweiten Teils. Spielbarer Charakter ist diesmal Jill Valentine, die bereits aus dem ersten Teil bekannt ist. Sie wurde von S.T.A.R.S. suspendiert und ist gerade dabei, die Stadt zu verlassen, als das Unglück in Raccoon City seinen Lauf nimmt. Die Stadt wird von Zombies überrannt und es gibt kaum noch Überlebende. Jill ist jedoch durch ihren Einsatz im Herrenhaus bereits bestens auf das Grauen, das sie erwartet, vorbereitet. Umbrella Frankreich (Europas Hauptsitz der Firma) schickt sein neues Projekt Nemesis nach Raccoon City.

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Zwei Monate nach dem Vorfall im Herrenhaus schickt die Umbrella Corporation eine eigene Spezialeinheit aus, um den von William Birkin neu entwickelten G-Virus zu stehlen. Kurz nach der fehlgeschlagenen Aktion breitet sich das Virus in ganz Raccoon City aus. Nachdem Chris Redfield, ein Hauptcharakter des ersten Teils, kurz nach seinem Einsatz im Herrenhaus spurlos verschwindet, macht sich seine Schwester Claire Redfield nach Raccoon City auf, um dort nach ihrem Bruder zu suchen. Sie weiß zu diesem Zeitpunkt noch nicht, dass die dortigen Bewohner bereits zu blutrünstigen Zombies mutiert sind. Gleichzeitig trifft andernorts in der Stadt der frisch ausgebildete Polizist Leon Scott Kennedy ein, um seinen Dienst im örtlichen Revier anzutreten.

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Resident Evil spielt in einem alten Herrenhaus, der Spencer-Villa, im fiktiven Raccoon Forest. Der Wald liegt in der Nähe der Kleinstadt Raccoon City, in der ein geheimnisumwobener Pharmakonzern namens Umbrella Corporation Hauptarbeitgeber ist. Neben legaler Forschung betreibt die Firma Biowaffenforschung sowie Genmanipulation unter dem Namen White Umbrella, mit dem Ziel, einen Superkrieger zu erschaffen. Dazu kreierten skrupellose Forscher das sogenannte Tyrant-Virus (T-Virus), einen aus dem Progenitor-Virus geschaffenen Erreger, durch den sein Wirt bereits nach kurzer Zeit mutiert und nur noch einem Urinstinkt folgt: Fressen.

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