Heart of the Swarm knüpft direkt an Wings of Liberty an. Kronprinz Valerian Mengsk führt Tests an Sarah Kerrigan durch, um herauszufinden, ob sie noch Zerg kontrollieren kann. Jim Raynor ist verzweifelt, da Kerrigan nur daran denkt, Rache an Mengsk zu üben. Kerrigan greift danach die Anlage an, um Valerian die Macht der Zerg zu demonstrieren. Daraufhin wird die Anlage von der Liga angegriffen, denn die Liga will Kerrigan und Raynor töten. Valerian und Kerrigan können von der Anlage auf die Hyperion, das Schiff von Raynor, entkommen, aber Raynor bleibt in der Anlage zurück. An Bord der Hyperion erkennt Valerian, dass sein Vater jedes Opfer bringen würde, um Kerrigan und Raynor zu töten. Matt Horner, der Kapitän der Hyperion, gibt den Befehl zum Rückzug, während Kerrigan mit ihrem eigenen Schiff selbst aufbricht, um Raynor zu finden. An Bord ihres Schiffes sieht sie eine Nachrichtensendung, die behauptet, dass Raynor gefangen genommen und hingerichtet wurde.

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