Das Spiel gliedert sich in einen Prolog und drei Akte. Im Prolog wird kurz der Hintergrund des Charakters V und seine Freundschaft zu seinem Freund und Geschäftspartner Jackie Welles erzählt. Es folgt der erste Akt, in welchem V und Jackie einen Auftrag vom bekannten Fixer Dexter DeShawn vermittelt bekommen: Sie sollen für die Prostituierte Evelyn Parker einen Bio-Chip aus dem Penthouse des Firmenerben Yorinobu Arasaka stehlen. Nachdem sie den Chip aus dem Tresor geholt haben, müssen sie aus einem Versteck dabei zusehen wie Yorinobu seinen Vater Saburo Arasaka erwürgt. Yorinobu löst nach dem Mord an seinem Vater einen Alarm aus, sodass V und Jackie nur mit Waffengewalt das Gebäude verlassen können. Im Fluchtwagen stirbt Jackie und V muss, da die Kühlung des Bio-Chips ausgefallen ist, den Chip in seinem Chipanschluss am Kopf einführen, um ihn funktionsbereit zu halten. Beim anschließenden Treffen mit Dexter DeShawn wird V von diesem erschossen.