Die Geschichte spielt im Jahr 2531 und damit 20 Jahre vor den Ereignissen in Halo: Kampf um die Zukunft. Die Kampagne beginnt auf dem Planeten Harvest, auf welchem fünf Jahre zuvor die Allianz das erste Mal gesichtet wurde. Nach der Rückeroberung des Planeten wird das Versorgungs- und Kolonieschiff Spirit of Fire wegen erneuter Allianz-Aktivitäten nach Harvest geschickt. Schnell wird klar, dass die Allianz auf der Suche nach einem sogenannten „Blutsväter-Relikt“ ist. Unter Leitung von Sergeant Forge erobern die Marines des UNSC das Relikt, welches die Allianz in die Luft sprengen wollte. Captain James Gregory Cutter schickt daraufhin die Professorin Ellen Anders, eine Expertin für exobiologische Zivilisationen, zur Ausgrabungsstätte. Es stellt sich heraus, dass es sich um einen Kartenraum handelt. Die Allianz versuchte unter der Führung des Gebieters Ripa ‚Moramee, die Menschen im Relikt zu töten, was ihnen aber nicht gelang.