Die Handlung des Spiels führt den Spielercharakter in ein fiktives afrikanisches Land. In diesem tobt nach dem Zusammenbruch der Regierung ein Bürgerkrieg zwischen der sogenannten UFLL (United Front for Liberation and Labour) und der APR (Alliance for Popular Resistance), bewaffneten Milizen, die um die Vorherrschaft kämpfen und dabei die Region und ihre Bevölkerung mit Waffengewalt terrorisieren.
Der Spielercharakter hat den Auftrag, den Schakal, einen illegalen US-amerikanischen Waffenhändler zu töten, der mit seinen Lieferungen maßgeblichen Anteil an der Eskalation, Heftigkeit und der Dauer des Konflikts hat. Der Protagonist erhält über den berüchtigten Waffenhändler zunächst keine Informationen. Nachdem er nach seiner Ankunft im Distrikt Leboa-Sako Beginn zwischen die Fronten von APR und UFLL gerät, ist er gezwungen, Aufträge der beiden Kriegsparteien zu übernehmen, unter anderem um allmählich Informationen über den Schakal zu erlangen. Immer wieder überkommen ihn Malariaanfälle, die er aber mit Hilfe von Pillen unter Kontrolle halten kann. Außerdem findet er im Laufe des Spiels Freunde, die ihm alternative Möglichkeiten zu den Hauptmissionen anbieten.