Far Cry New Dawn spielt im selben Gebiet Hope County, wie Far Cry 5, ist allerdings im Norden und Osten verkleinert und die Handlung spielt sich 17 Jahre später ab. Als sich die Mitglieder von Prosperity aus ihren Bunkern trauen, halten bereits die Highwaymen – angeführt von den Schwestern Mickey und Lou – die Kontrolle über große Teile von Hope County. Lediglich die Grenze zum scheinbar menschenleeren Nordteil der Karte wird durch New Eden kontrolliert, die nachts außerhalb ihres Gebiets gegen die Highwaymen patrouillieren und sich als Nachfolger der Peggies (Project at Eden’s Gate, die christlich-fanatische Antagonistenorganisation aus Far Cry 5) verstehen.
Das Spiel beginnt damit, dass der Spielercharakter, der wahlweise männlich oder weiblich sein kann, und weitere Kämpfer mit dem Zug nach Hope County fahren, um Prosperity zu unterstützen. Die Highwaymen lassen den Zug entgleisen und töten alle Überlebenden des Zugunglücks außer den Spieler und Thomas Rush, die aber getrennt werden. Der Spieler wird von Carmina, Tochter der Anführerin von Prosperity, gefunden und für den Widerstand gegen die Highwaymen gewonnen.

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Die Handlung des Spiels führt den Spielercharakter in ein fiktives afrikanisches Land. In diesem tobt nach dem Zusammenbruch der Regierung ein Bürgerkrieg zwischen der sogenannten UFLL (United Front for Liberation and Labour) und der APR (Alliance for Popular Resistance), bewaffneten Milizen, die um die Vorherrschaft kämpfen und dabei die Region und ihre Bevölkerung mit Waffengewalt terrorisieren.
Der Spielercharakter hat den Auftrag, den Schakal, einen illegalen US-amerikanischen Waffenhändler zu töten, der mit seinen Lieferungen maßgeblichen Anteil an der Eskalation, Heftigkeit und der Dauer des Konflikts hat. Der Protagonist erhält über den berüchtigten Waffenhändler zunächst keine Informationen. Nachdem er nach seiner Ankunft im Distrikt Leboa-Sako Beginn zwischen die Fronten von APR und UFLL gerät, ist er gezwungen, Aufträge der beiden Kriegsparteien zu übernehmen, unter anderem um allmählich Informationen über den Schakal zu erlangen. Immer wieder überkommen ihn Malariaanfälle, die er aber mit Hilfe von Pillen unter Kontrolle halten kann. Außerdem findet er im Laufe des Spiels Freunde, die ihm alternative Möglichkeiten zu den Hauptmissionen anbieten.

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Die Handlung des Spiels weist Parallelen zu H. G. Wells Roman Die Insel des Dr. Moreau auf, der die Furcht des Menschen vor der Macht der Naturwissenschaften zum Ausdruck bringt.
Als Spieler steuert man die Hauptfigur des Spiels, Jack Carver, ehemaliger Elite-Soldat der US Marines, der sich zur Ruhe gesetzt hat und sein Geld nun mit Bootsfahrten in Mikronesien (Südpazifik) verdient. Er soll die Journalistin Valerie Constantine zu einer nicht auf Karten verzeichneten Inselgruppe bringen, da Valerie dort angeblich Bilder von japanischen Ruinen aus dem Zweiten Weltkrieg machen will. Bei der Rückfahrt von der Insel wird Carvers Boot jedoch (mit einer Panzerfaust) beschossen und versenkt. Unter Beschuss von unbekannten Söldnern wird er in eine Höhle gespült. Ab diesem Zeitpunkt hat man als Spieler die Kontrolle über die Figur. Im ersten Level findet man ein Funkgerät, über das sich die mysteriöse Figur Harlan Doyle meldet. Er informiert den Spieler über seine Lage und hilft mit nützlichen Hinweisen.

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