Der Vorspann zeigt, wie nachts ein Trucker mit einem Tanklaster fährt und dabei einen Hamburger isst. Nachdem er mit seinem Fahrzeug eine Gestalt anfährt, hält er sein Gefährt an und steigt aus, um nachzusehen, was er mit seinem Fahrzeug erfasst hat. Bei der auf der Straße liegenden Gestalt handelt es sich um eine Frauenleiche, die sich als Zombie entpuppt und den LKW-Fahrer anfällt, nachdem dieser sie zu untersuchen versucht.
Das eigentliche Spiel beginnt anschließend mit dem Prolog. Die beiden Spielercharaktere sind jeweils auf dem Weg in die fiktive Stadt Raccoon City. Leon S. Kennedy, um seine Stelle als Polizist im örtlichen Polizeirevier anzutreten, und Claire Redfield, um nach ihrem vermissten Bruder Chris zu suchen, welcher in der Spezialeinheit S.T.A.R.S. tätig war. Der gespielte Charakter hält vor der Stadt an einer Tankstelle, die der Spieler untersuchen muss. Es stellt sich heraus, dass sich Zombies darin aufhalten und beim Verlassen der Tankstelle trifft die Spielfigur auf den jeweils anderen Spielcharakter. Gemeinsam flüchten die beiden anschließend vor den Zombies an der Tankstelle und setzen ihren Weg zusammen im Auto nach Raccoon City fort.